Let's Encryptは全てのWEBサーバへの接続を暗号化することを目的としたプロジェクトで正式な認証局です。
TLS暗号化の複雑な設定や保守の手間を大幅な簡略化を意図しています。
（一部、Wikipediaより）
詳細な説明は省くとして、今まで高額な費用を必要としていたSSL証明書の発行が無料になり、簡単な手順でサーバに設定することが可能となっています。
現在はまだ全ての通信がSSLによる暗号化に対応しているとは言えない為、両方混在しているので、GoogleAnalyticsなどのアクセス解析のサービスで、検索キーワードが判断できないような状況が発生しています。
SEO対策を行う上では、なかなか解析しにくい環境ではあるのですが、いずれは全ては暗号化されるでしょう。
今まではお問い合わせフォームや会員登録のような、個人情報を扱うページのみが対応していたSSLですが
今後は全てのページが暗号化されることによって、より安全なWEBサービスの提供につながっていくと思われます。
もちろん、当サイトも全ページがSSLに対応しており、Let's Encryptを利用しています。